Bien que toutes les huîtres puissent sécréter des perles, les huîtres comestibles ne sont pas utilisées à ces fins. L'huître perlière appartient à une famille différente, les Pteriidae. Les perles produites naturellement ou en culture proviennent de cette famille d'huîtres.
La perle de nacre est fabriquée par l'huître quand un corps étranger (sable, larve…) s'immisce entre sa coquille et son manteau. Au fil des ans, l'intrus est recouvert de couches concentriques de carbonate de calcium qui cristallise sous forme d'aragonite, ce qui finit par donner une perle. Seules l'huître perlière des mers chaudes (appelée aussi « pintadine ») et la moule perlière d'eau douce peuvent en fabriquer.